از زمان سقوط اتحاد جماهیر شوروی از سال ۱۹۹۱ و متعاقب آن استقلال چندین دولت در منطقه قفقاز از جمله جمهوری آذربایجان؛ روابط گرمی بین دو کشور ایران و دولت تازه تاسیس جمهوری شکل نگرفت ولی امروزه به نظر می رسد که این روند در حال تغییر است و دو کشور به یکدیگر نزدیک تر می شوند.