یکی از انتقاداتی که همواره از گمرکات کشور در سالهای اخیر مطرح بوده، قاچاق کالا از راههای رسمی کشور بوده است؛ موضوعی که بارها بسیاری از نمایندگان مجلس شورای اسلامی و حتی برخی مسئولان انتظامی کشور نیز به آن اشارههایی داشته اند.
رئیس کل گمرک ایران مدعی است که در حال حاضر هیچ کالای قاچاقی از مبادی رسمی وارد کشور نمیشود.
برخی کارشناسان و عده ای از نمایندگان مجلس معتقدند؛ بخشی از قاچاق کالا از مبادی رسمی انجام می پذیرد.